Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh struktur modal, pembiayaan mudharabah dan ukuran perusahaan terhadap profitabilitas dengan Good Corporate Governance sebagai variabel moderating pada BPR Syariah. Populasi dalam penelitian ini adalah data laporan keuangan Bank Perkreditan Rakyat Syariah di Jawa Tengah BPR selama dengan periode 2012 – 2014 per triwulan dengan jumlah sebesar 25 BPR Syariah. Dengan menggunakan teknik purposive samping, yaitu teknik pengambilan sampel berdasarkan beberapa pertimbangan atau kriteria tertentu, maka diperoleh jumlah sampel sebesar 15 BPR Syariah. Alat analisisnya adalah Moderating Regression Analysis, dimana sebelumnya dilakukan uji asumsi klasik.
Hasil pengujian menunjukkan bahwa profitabilitas mempunyai pengaruh positif dan signifikan serhadap profitabilitas, memberikan pengertian bahwa semakin tinggi struktur modal, maka BPR Syariah mempunyai kemampuan dalam membelanjakan dana operasional dengan baik, sehingga perusahaan akan mempunyai kemampuan untuk mendapatkan profitabilitas. Pembiayaan mudharabah tidak berpengaruh terhadap profitabilitas di BPR Syariah. Ukuran perusahaan terbukti mempunyai pengaruh positif dan signifikan terhadap profitabilitas di BPR Syariah, dapat diartikan bahwa semakin besar ukuran perusahaan, maka BPR Syariah mempunyai kemampuan dalam memanfaatkan total aktiva secara maksimal, sehingga mempengaruhi kemampuan BPR Syariah untuk mendapatkan profitabilitas. Good Corporate Governance mampu memoderasi hubungan struktur modal dan ukuran perusahaan dengan profitabilitas

Kata Kunci : Struktur modal, pembiayaan mudharabah, ukuran perusahaan, Good Corporate Governance dan profitabilitas