Obat berperan penting dalam dunia kesehatan dan pencegahan penyakit. Pengembangan berbagai macam obat dan penggunaannya yang semakin beragam menjadi penyebab utama terjadinya penggunaan obat yang tidak rasional khususnya dalam hal peresepan. Peresepan di Indonesia masih dikategorikan tidak rasional. WHO memperkirakan 50% obat digunakan secara tidak tepat. Puskesmas merupakan pusat kesehatan yang banyak diminati masyarakat, hal ini menjadikan Puskesmas sebagai salah satu target penggunaan obat yang tidak rasional, penggunaan obat yang tidak tepat membahayakan kesehatan masyarakat, Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi apakah penggunaan obat di Puskesmas Ngesrep dan Rowosari sudah rasional. Penelitian bersifat observasional dengan menggunakan metode cross sectional, retrospektif untuk pengambilan data indikator peresepan dan prospektif untuk pengambilan data indikator fasilitas. Jumlah sampel penelitian sebanyak 6.447 resep terdiri atas 2.550 resep pada Puskesmas Ngesrep dan 3.897 resep pada Puskesmas Rowosari. Hasil penelitian dibandingkan dengan target kerasionalan dari Kementrian Kesehatan tahun 2017. Rata-rata jumlah item obat per lembar yang diresepkan pada kedua Puskesmas > 2,6 item. Peresepan antibiotika di Puskesmas Ngesrep ISPA non pneumonia (<20%) dan Diare non spesifik (>8%). Puskesmas Rowosari ISPA non penumonia (>20%) dan Diare non spesifik (>8%). Penggunaan injeksi penyakit Myalgia dikedua Puskesmas (<1%). Hasil uji mann whitney nilai p<0,05 pada Puskesmas Ngesrep dan Rowosari.
Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa penggunaan obat rasional di Puskesmas Ngesrep dan Rowosari sudah rasional untuk indikator peresepan dan indikator fasilitas. Hasil uji mann whitney menunjukkan bahwa terdapat perbedaan bermakna diantara Puskesmas Ngesrep dan Rowosari.

Kata kunci : Penggunaan Obat Rasional (POR), Puskesmas, Indikator Peresepan, Indikator Fasilitas