Tujuan utama pelaksanaan otonomi daerah adalah agar setiap daerah mampu memberdayakan daerahnya. Salah satu cara dalam mencapai tujuan tersebut adalah dengan mewujudkan prinsip good governance yang diterapkan melalui transparansi dan akuntabilitas pengelolaan keuangan pemerintah baik bagi pemerintah pusat maupun pemerintah daerah. Untuk mengurangi terjadinya kecurangan maka perlu dilaksanakan pengendalian intern Pemerintah Daerah yang baik.
Penelitian ini menggunakan data sekunder berupa laporan keuangan Pemda dari tahun 2012 hingga tahun 2014 dan laporan hasil pemeriksaan SPI dari Badan Pemeriksa Keuangan Menggunakan metode purposive sampling. Jenis penelitian deskriptif dengan data sekunder. Pengujian data dilakukan dengan teknik asumsi klasik menggunakan uji normalitas, uji multikolinearitas, uji heteroskedastisitas dan uji autokorelasi. Teknik analisis yang digunakan adalah regresi berganda.
Hasil dari penelitian menunjukkan bahwa ukuran daerah, pendapatan asli daerah, dan kompleksitas daerah berpengaruh positif dan signifikan terhadap sistem pengendali intern. Sedangkan pertumbuhan daerah tidak berpengaruh terhadap sistem pengendali intern.
Kata Kunci : pertumbuhan daerah, Ukuran Daerah, Pendapatan Asli Daerah, Kompleksitas Daerah