Sistem pengendalian intern daerah, selanjutnya disingkat SPI adalah proses yang integral pada tindakan dan kegiatan yang dilakukan secara terus menerus oleh pimpinan dan seluruh pegawai untuk memberikan keyakinan memadai atas tercapainya tujuan organisasi melalui kegiatan yang efektif dan efisien, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan. SPI tersebut dapat menjadi tidak efektif jika terjadi beberapa kelemahan pada setiap aktivitas pengendalian intern. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor-faktor pertumbuhan ekonomi, size pemerintah daerah, pendapatan asli daerah, komlpeksitas daerah dan belanja modal yang mempengaruhi kelemahan sistem pengendalian intern daerah.
Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh pemerintah daerah Kabupaten atau Kota di Jawa Tengah pada tahun 2012-2014 dan teknik pengambilan sampel menggunakan metode sensus. Data diperoleh dari kantor BPK, kantor BPS Jawa Tengah dan website Pemerintah Daerah. Total Sampel pada penelitian ini berjumlah 105 yang berasal dari 35 Daerah Kabupaten atau Kota di Jawa Tengah dengan tiga tahun periode pengamatan. Penelitian ini menggunakan metode analisis regresi linear berganda untuk menguji hipotesis.
Hasil Pengujian hipotesis menunjukkan bahwa ada pengaruh positif signifikan antara size pemerintah daerah dan pendapatan asli daerah juga berpengaruh positif singnifikan terhadap kelemahan sistem pengendalian intern daerah. Sedangkan pertumbuhan ekonomi berpengaruh negatif tidak signifikan, komplesitas daerah juga berpengaruh negatif tidak signifikan dan belanja modal menunjukan bahwa berpengaruh tidak positif signifikan terhadap kelemahan sistem pengendalian intern daerah.

Kata kunci : pertumbuhan ekonomi, size pemerintah daerah, pendapatan asli daerah, kompleksitas daerah dan sistem pengendalian intern daerah.