Penelitian ini bertujuan untuk (1) Memahami Implementasi Pendidikan Agama Islam Dalam meningkatkan karakter kejujuran, kesabaran dan kedisiplinan siswa SMK Negeri 3 Kota Jayapura.(2).Strategi yang digunakan dalam implementasi pendidikan agama Islam dalam meningkatkan karakter kejujuran, kesabaran dan kedisiplinan siswa SMK Negeri 3 Kota Jayapura.
(3).Mengetahui factor-faktor yang mempengaruhi implementasi pendidikan agama islam dalam peningkatan karakter kejujuran, kesabaran dan kedisiplinan siswa di SMK Negeri 3 Kota Jayapura.

Adapun pendekatan yang digunakan merupakan pendekatan kualitatif, artinya data yang dikumpulkan bukan berupa angka melainkan data yang berasal dari hasil observasi, wawancara dan dokumentasi. Data yang digunakan adalah data primer dan sekunder. Prosedur analisis data dilakukan dengan pengumpulan data, reduksi data, penyajian data dan kesimpulan. Teknik penjamin keabsahan data dilakukan dengan pemerikasaan kepercayaan, keteralihan dan kebergantungan.

Hasil penelitian ini menyatakan bahwa : Implementasi Pendidikan Agama Islam di SMK Negeri 3 Kota Jayapura efektif dalam meningkatkan karakter kejujuran, kesabaran, dan kedisiplinan siswa SMK Negeri 3 Kota Jayapura, karena :
Pertama SMK Negeri 3 Kota Jayapura mengedepankan moral, etika, akhlak dan keteladanan para guru dan ustadz dalam melaksanakan pembelajaran sehari, dari pagi jam 7.15 Wit hingga sore jam 14.00 Wit, dengan suasana belajar yang informal, tidak kaku, dan menyenangkan sehingga berdampak positif dapat meningkatan karakter kejujuran, kesabaran dan kedisiplinan siswa SMK Negeri 3 Kota Jayapura.
Kedua SMK Negeri 3 Kota Jayapura, menerapkan sistem pendidikan terpadu, dengan mengintegrasikan kurikulum nasional, kurikulum pendidikan Islam, dan kurikulum kepramukaan, keterpaduan itu di maknai dengan telaah, eksplorasi, rumuskan, presentasikan, aplikasikan, duniawi, ukhrawi ( akhirat ).

Kata Kunci : Implementasi Nilai-Nilai Pendidikan Agama Islam, meningkatkan Karakter kejujuran, kesabaran, kedisiplinan, Siswa SMK Negeri 3 Kota Jayapura.