Kedudukan madrasah sebagai lembaga pendidikan Islam dalam sistem pendidikan nasional berdasarkan Surat Keputusan Bersama (SKB) 3 Menteri adalah sama dengan sekolah umum yang setingkat. Hal ini menimbulkan permasalahan, yakni perbedaan pemahaman terhadap materi PAI antara siswa yang berasal dari SMP dengan MTs ketika di SMA. Jenis penelitian ini adalah penelitian lapangan yang menggunakan pendekatan komparatif dengan teknik pengumpulan data menggunakan wawancara dan dokumentasi. Metode analisis data dengan cara menyajikan data hasil penelitian ke dalam bentuk tabel, kemudian menghitung perbandingan mean, mencari standar deviasi dan mencari t signifikansi komparatifnya lalu dikonsultasikan kepada t tabel dan terakhir menginterpretasikan hasil konsultasi t. Hasil dari penelitian ini adalah t_o yang diperoleh sebesar 0,93 sedangkan t_t (2,01 dan 2,68) dengan demikian 2,01>0,93<2,68 maka t_o adalah lebih kecil daripada t_t, baik pada taraf signifikansi 5% ataupun 1%. Jadi, tidak ada perbedaan yang signifikan mengenai prestasi belajar PAI antara siswa yang berlatar belakang sekolah SMP dengan MTs.

Kata kunci: Latar Belakang Sekolah, Prestasi Belajar, dan Pendidikan Agama Islam