Tugas akhir ini bertujuan (1) Mengetahui sistem pengendalian intern dari pembiayaan mudharabah yang telah diterapkan pada BMT Al Hikmah Cabang Gunung Pati II, (2) Mengetahui pelaksanaan sistem pengendalian intern dari pembiayaan mudharabah pada BMT Al Hikmah Cabang Gunungpati II Semarang, mengetahui kendala apa saja dalam penerapannya, serta mengetahui solusi atas kendala dalam penerapannya. Jenis penelitian yang digunakan dalam tugas akhir ini adalah penelitian kualitatif dan deskriptif. Data dalam tugas akhir ini diperoleh dari observasi, studi dokumentasi, wawancara secara langsung dengan pihak BMT Al Hikmah dan menganalisis data untuk memperoleh gambaran riil yang terjadi pada BMT. Hasil dari penelitian yang telah dilakukan menunjukan bahwa Pembiayaan mudharabah cukup berpotensi untuk mengembangkan BMT Al hikmah. Meskipun demikian, masih ada juga kelemahan yang terjadi. Berdasarkan permasalahan yang terjadi, dapat dirancang beberapa solusi.